玉米加工产能扩张过快，增长的幅度超过玉米产量增长水平。一些产区已经出现了加工能力过快扩张、原料紧张的倾向。企业多为粗放型的加工，初级产品多，产品结构不合理，部分玉米深加工机械小型企业的加工转化效率低，资源的综合利用率不高。
      部分企业不搞循环经济，污染比较严重。目前，全国年产3万吨或以下的玉米深加工机械企业占20%左右，很多企业工艺技术水平不高，又不搞循环经济、环保工程，成为新的污染源。专用玉米生产基地不足，贸、工、农一体化的产业化经营格局尚未真正形成，玉米种植标准化水平低，影响玉米深加工企业的效益。